Entre los distintos tipos de ecosistemas que alto Andinos podemos encontrar pajonales de puna, bosques de kewiña (Polylepis) y bofedales, siendo estos últimos clave para la provision de agua en países andinos como Perú, Chile y Bolivia (Conservación de ecosistemas altoandinos de macrorregión sur es una prioridad en la Estrategia Nacional de Diversidad Biológica, 2024).

Actualmente estos ecosistemas se encuentran amenazados por la deforestación, especies invasoras, la minería, el cambio climático y la sobreexplotación hídrica. Para frenar estas amenazas se han propuestos planes de reforestación y manejo comunitario basados en el conocimiento ancestral con practices sostenibles (Conservación de ecosistemas altoandinos de macrorregión sur es una prioridad en la Estrategia Nacional de Diversidad Biológica, 2024).